合规风险对内部审计师来说变得越来越重要，特别是在高度管制的行业，如大型银行。例如，美国货币计量局制定了“加强标准”，其中包括有关内部审计的作用和职责的指导原则。联邦储备银行发布了关于内部审计职能及其外包的补充政策声明。

随着审计部门深入了解数据分析，遵守保护消费者数据和跨境隐私法可能成为一个问题。管理这种风险的关键是完全依照法律法规，并通过内部审计自身的政策和程序解决问题，确保遵守规则的能力。独立质量保证团队进行的内部审查可以帮助确定潜在问题并防止违规事件的发生。

除了以上风险，与内部审计日常活动最相关的风险是运营风险，包括人员，流程或技术缺陷引起的风险。像其他部门一样，内部审计具有明确的业务目标，例如完成年度审计计划，验证审计确定的问题，依据既定的预算维持成本，开发技术型员工。

内部审计部门应采取系统的方法来管理运营风险，包括创造运营风险偏好，发展关键绩效和风险指标，监测和采取行动减轻风险。例如，为了确保审计计划的及时完成，密切监督审计准备工作，实地工作的完成和报告日期等，可能会有所帮助。关于团队质量保证审查结果的图表还可以使CAE能够识别执行审计团队的问题，并提供培训以补救风险。

一旦识别和确定风险，内部审计应制定监测和减轻风险的数值。颜色代码可以突出重点。例如，如果超过20％的审计需要延期超过30天，红色状态可能表明按时完成审计计划的风险。如果一个团队的指标超过20％，那么现在可能是将变成红色并采取措施的时候了。

上述的数值取决于CAE的风险偏好，但也应考虑主要利益相关者的投入。例如，CAE可能希望指定不超过5％的审计计划可能会转交到下一年。如果该目标似乎处于危险之中，则CAE应采取行动减轻风险。例如，如果一年中某个时间的指标提高，预先谈判的安排可能有助于减轻未完成审计计划的风险。

此外，内部审计师至少在原则上应适用本组织的企业风险管理政策。例如，当内部审计活动发生诸如接近失误的事件（几乎发生的事件）时，内部审计应提交内部事件报告，分析根本原因，并防止将来发生类似事件。